La colección del Museo Nacional del Virreinato está integrada por objetos del periodo virreinal y obras de arte novohispano, en un acervo verdaderamente admirable.
Tanto la Iglesia de San Francisco Javier, el complejo conventual que le es anexo y su amplio espacio de jardines y patios, ya estaban finalizados cuando aconteció la expulsión de los jesuitas del territorio de la Nueva España, en 1767. Tras un meticuloso trabajo de restauración el recinto abrió sus puertas como museo nacional en 1964. Gran parte de las piezas que integran el fondo de la colección, han sido conservados in situ, otras, en cambio, han sido traídas de distintas colecciones de nuestra nación.Un atractivo imprescindible del Museo Nacional del Virreinato es el Claustro de los Naranjos.
En este grato espacio, una fuente de piedra inmersa entre naranjos, se ubica en el centro de este bello claustro.La Capilla Doméstica es otro notable punto del museo.
Su vasta ornamentación incorpora relicarios, pinturas, estatuillas, espejos y estucos de colores. El objetivo de este recinto era motivar una sensación de recogimiento entre los novicios.Impresionante resulta el llamado "Cristo del Árbol", pieza que fue primero tallada en un madero y después policromada.
El autor de esta representación sacra fue integrante de un gremio de escultores que estuvo activo en las postrimerías del siglo XVII.La colección se estatuas de marfil del Museo Nacional del Virreinato, es por demás fascinante y piezas como ciertas imágenes de Cristo y María, ciertamente lo comprueban.
Tales figuras exhiben rasgos faciales orientales, además de un estilo estético característico de Asia. Se piensa que este tipo de creaciones en marfil, llegaron a la Nueva España desde Filipinas.El Relicario de San Pedro y San Pablo, es otra pieza destacada de este museo en Tepotzotlán.
Su creación data del siglo XVI y fue trabajado en plata con un baño de oro. Por su calidad y belleza, es comparable a relicarios similares, elaborados en Europa por ese mismo periodo. Fue el obsequio de un adinerado minero para la orden jesuita.