A lo largo de los siglos XVII y XVIII, Isla Holbox, fue muy frecuentada por piratas, en mucho por su estratégica localización en las aguas del Caribe.

En 1873, en Holbox se instalaron varios bucaneros procedentes de Europa, quienes, cautivados por los encantos silvestres de la zona, decidieron hacer sus vidas en este sitio. Ni Holbox ni sus cercanías, han estado nunca deshabitadas, como alguna vez se pensó. Siempre han sido visitadas y habitadas por los antiguos mayas y sus descendientes actuales. Toda la región cercana a esta isla, formaba parte del cacicazgo de Ekab, el cual se extendía desde Cabo Catoche hasta la Bahía de la Ascensión y a este cacicazgo pertenecían otras islas además de Holbox, como las actuales Isla Mujeres, Contoy, Isla Blanca, Cozumel y sitios como Cancún. A finales del siglo XIX, las islas de mayores dimensiones, perfectamente protegidas del impetuoso mar, recibían de Bacalar, Yucatán y las zonas circunvecinas, a varios sobrevivientes que escapaban de las rebeliones sociales mayas, las cuales pasaron a la historia bajo la denominación de la Guerra de Castas. Luego, a principios de 1891, apareció el Partido de las Islas, cuya cabecera fue Isla Mujeres y que además, incluía a Isla Holbox. Desde 1880, ciertos empresarios, con intenciones de ampliar su aprovechamiento del lugar, fomentaron la colonización del norte de la península yucateca. Empresas como la Compañía El Cuyo y Anexas y la Compañía Colonizadora de la Costa Oriental, fueron claves en este proceso. Al comenzar el siglo XX en esta región del país, ya existían importantes haciendas y comunidades como San Ángel, San Fernando, San José. Chiquilá, Yalahau, Punta Tunich, Moctezuma y Solferino.

En el año de 1902 fue establecido el área federal de Quintana Roo y en 1910 la población de la entidad se agrupo en ocho municipios, los cuales, por razones de interés económico, fueron comprendidos en tres zonas principales, las cuales aún se mantienen vigentes: norte, centro y sur.

La primera abarcaba los municipios de Isla Mujeres, Cozumel y Holbox. Por aquellos años, Holbox era la cabecera municipal de ocho comunidades, pero en 1921, Isla Mujeres cobró mayor relevancia y terminó por absorberla. Esta isla ha sabido aprovechar su aislamiento para preservar la pureza de su esencia y al mismo tiempo, para forjar la entereza de sus habitantes, quienes han superado momentos complicados por huracanes y tiempos de escases. Hoy en día es uno de los lugares más valiosos y dignos de visitar en nuestro país.