El nombre de Malinalco procede de las palabras del idioma náhuatl, Malinticac y Malinalli, las cuales se refieren a algo que se tuerce sobre sí mismo, configurando una espiral.

Esta última figura se proyectaba para los antiguos mexicanos como las transformaciones y la dualidad entre los tres ámbitos que conformaban el universo: la dimensión terrenal, el inframundo y las trece esferas cósmicas. Por otra parte, Malinalco también era comprendido, en el México Prehispánico, como el lugar en donde se le rinde culto al vivir, a través de la muerte. Una última versión acerca del nombre este Pueblo Mágico del Estado de México, se relaciona con Malinalxochitl, hermana de Huitzilopochtli, el dios colibrí de los aztecas, y desde este enfoque significaría Malinalco, "en el sitio de Malinalxochitl".

Los primeros habitantes de este lugar llegaron entre los periodos Posclásico temprano  y el comienzo del Posclásico tardío.

De cualquier manera, se sabe que antes ya era frecuentado por los culhuas, los matlatzincas y los ocuiltecos. En el marco de la Conquista, la comunidad de Malinalco, se levantó contra los españoles, por lo cual Andrés de Tapia recibió el encargo de someter a los lugareños, apoyado por los Tlahuicas.

Una vez pacificada la región se organizaron encomiendas y las primeras de ellas fueron entregadas a la Corona Española y a Cristóbal Rodríguez de Ávalos.

Este último personaje fue quien impulsó notablemente la evangelización de la zona y la construcción del convento de Malinalco. Franciscanos, dominicos y agustinos se dieron cita en Malinalco, para difundir las doctrinas católicas después de la Conquista, pero fueron los agustinos quienes se quedaron allí, desde 1533.

Otros eventos de relevancia histórica en Malinalco, fueron, por ejemplo, la estadía que tuvo allí José María Morelos y Pavón.

El 8 enero de 1813, este prócer nacional firmó allí un importante documento en el marco de las gestas insurgentes; durante la Guerra de Reforma, las gavillas y los jefes reaccionarios, continuaron peleando y ocultándose en los cerros de Ocuilan y Malinalco; y finalmente, durante la Revolución Mexicana, la cercanía de Malinalco con Morelos lo hizo importante aliado en los intentos marciales de los zapatistas.

El decreto 128, establecido en la gubernatura interina de Antonio Zimbrón en el Estado de México, aclaró que Chalma pertenecía a la municipalidad de Malinalco y fue erigida como pueblo.

Por último, por sus riquezas culturales, históricas y naturales y sus ventajas turísticas y hoteleras, Malinalco es declarado como Pueblo Mágico, en el año de 2010.