El museo se divide en 23 salas temáticas.
Por ejemplo, allí hallarás una sección dedicada a las primeras tribus nómadas que habitaron el territorio nacional y otra más, enfocada a la cultura olmeca, misma que tuvo su máximo desarrollo hace más de tres mil años. Pero por supuesto, también hay salas dedicadas a la cultura maya, zapoteca, tolteca, Teotihuacán, y azteca. En los jardines del Museo de Antropología se parecen algunas réplicas de esculturas y estelas de sitios arqueológicos de Yucatán, Chiapas u Oaxaca. La pieza más admirada del Museo de Antropología es la colosal Piedra del Sol, también conocida como Calendario Azteca. Se trata de un monolito que pesa aproximadamente 25 toneladas, el cual fue crecido por los mexicas en el siglo XV y que fue hallado en donde hoy se encuentra la Plaza de la Constitución. También es posible contemplar una excelente reproducción de una tumba maya que data del siglo VIII y una réplica del penacho de Moctezuma. Es aconsejable, para disfrutar más aún la visita al Museo Nacional de Antropología, rentar una audio guía que se ofrecen en la entrada al museo. Este recurso nos permite conocer mejor las referencias históricas y los sentidos de las piezas en exhibición. Es importante tomar en cuenta que el Museo Nacional de Antropología, permanece cerrado los lunes, no obstante, es mejor visitarlo entre semana, para evitar las aglomeraciones y así gozar más de la visita a este relevante recinto museístico.Mucha gente se encuentra en las salas de la planta maya, por estar dedicadas a las antiguas culturas de México.
Pero las salas del segundo nivel, dedicadas a las etnias actuales de México, también son de gran interés para todos.