El municipio de Jalpan de Serra es la entrada a la ruta de las misiones queretanas; el primer templo está dedicado al apóstol Santiago, símbolo de la defensa de la fe por parte de los militares que finalizaron la conquista de esta región.
La ruta de las misiones de Querétaro se integra de cinco templos distribuidos a lo largo de la sierra, por lo que abarca una variedad de ecosistemas que esconden inesperados paisajes naturales.
En el centro del pueblo se encuentra la Misión de Santiago de Jalpan, se caracteriza por su fachada de cantera, con decoraciones florales de tono amarillo que resaltan las esculturas de santos y símbolos religiosos, destacan en la misma las figuras de San Francisco y Santo Domingo y en la puerta las imágenes de San Pedro y San Pablo.
Un detalle único en la parte inferior de la fachada son las figuras de águilas que hacen alusión al símbolo nacional.Otros edificios coloniales que se recomienda visitar son la oficina de correos y el Museo Histórico de la Sierra Gorda, antiguamente el Fuerte de Jalpan y también uno de los edificios más antiguos de este lugar.
En el museo se cuenta con una amplia colección de fotografías, piezas arqueológicas y objetos de uso cotidiano que son muestra de la riqueza natural e histórica de la región.Cerca de Jalpan se encuentra la zona arqueológica de Tancama, es un asentamiento prehispánico de la cultura Huasteca, se compone de tres plazas en desnivel que simulan la forma de un cerro, los entierros hallados en las pirámides revelan que su carácter fue ceremonial y astronómico.
En Jalpan y los municipios vecinos se cuenta con una red de albergues ecoturísticos que recorren la Reserva de la Biósfera de la Sierra Gorda, en la que se puede disfrutar de sorprendentes paisajes de montaña, ríos y verdes valles.
En Pinal de Amoles se encuentra el río Escanela y la cascada del Chuveje; en Arroyo Seco el sótano que tiene un tiro de caída libre de más de 400 metros; y en Landa de Matamoros se encuentra el Madroño, un paraje conocido por conservar restos de fósiles marinos.El templo de Santiago apóstol contaba con una imagen de este santo hasta fines del siglo XIX, cuando fue removida de su nicho por el General Rafael Olvera, quien ordenó colocar en su lugar el reloj que hoy permanece en la parte superior de la fachada.
En el año 2003, la UNESCO declaró patrimonio cultural de la humanidad a las misiones franciscanas ubicadas en Jalpan, Tancoyol, Tilaco, Landa de Matamoros y Conca.
Los visitantes de Jalpan y la ruta de las misiones pueden encontrar, además de los albergues, algunos hoteles con todas las comodidades en este Pueblo Mágico, así como tiendas de artesanías de palma, talabartería y bordados.
La comida regional incluye platillos con nopales, así como acamayas y el zacahuil propio de la región huasteca.
La cecina es muy apreciada por los viajeros así como los dulces regionales.La fiesta religiosa más grande del pueblo se realiza en honor del Santo Niño de Jalpan, miles de peregrinos acuden a venerarlo cada año en el mes de enero.
El recorrido por las misiones, visita al museo regional, senderismo, observación de flora y fauna, fotografía, campismo, ciclismo de montaña, renta de lanchas y kayak, tirolesa, escala en roca, descenso en rappel, así como paseos en cuevas y grutas.