Se ubica junto a la gran obra barroca, el conjunto de San Francisco Javier.
Quizás sea parte de lo que fuera una ermita, en 1525, o la parroquia de 1547, que edificaron los primeros religiosos franciscanos que llegaron a Tepotzotlán.No obstante, hay quien afirma que esos vestigios son los que están en el patio de bodegas del excolegio jesuita.
Como quiera que sea, lo de mayor interés en San Pedro Apostol puede observarse en el exterior, en su portada atrial de corte neoclásico, y en los restos de un viejo canal construido en cantera, con piso de barro, así como también un par de altorrelieves, bellamente trabajados, que lucen escudos papales.